Certifikace probíhá dle standardů kvality inovativních škol a skládá se z kontroly požadované dokumentace, certifikační návštěvy a strukturovaného rozhovoru s vedením a zaměstnanci školy.
Certifikační proces je zahájen dodáním kompletní dokumentace.
Certifikační návštěva probíhá během školního roku a trvá cca 6 hodin (3 hodiny zkrácená certifikace při obnově certifikátu a s inspekční zprávou). Certifikující tým si prohlédne prostory, ověří si pedagogickou práci celého týmu a její soulad s dokumentací, vizí a hodnotami školy.
Další částí certifikačního procesu je strukturovaný rozhovor, který může proběhnout online i na místě dle individuální dohody.
Během certifikační návštěvy a strukturovaného rozhovoru dostává žadatel ústní zpětnou vazbu k provozu, pedagogické práci a dokumentaci. Certifikující vypracuje závěrečnou zprávu. Ve zprávě jsou uvedeny termíny proběhlé certifikace; silné stránky školy a případné prostory pro zlepšení a termín k nápravě.
Re-certifikace probíhá stejným způsobem. Je třeba zažádat 3 měsíce před skončením platnosti certifikátu. Platnost certifikátu je 3 roky.